Las soluciones ERP en ocasiones son complejas y difíciles de implantar debido a que necesitan un desarrollo personalizado para cada organización. Las personalizaciones y desarrollos particulares para cada empresa o institución requieren de un gran esfuerzo en tiempo para modelar todos los «procesos de negocio» en la aplicación.

No hay recetas ni guiones explícitos para implantaciones exitosas; un trabajo bien realizado, contempla cuidar de aspectos antes y durante el proceso de implantación y luego, cuando el sistema entra en producción. Conviene que la metodología de implantación de un ERP contemple los siguientes procedimientos:

• Definición de resultados esperados para la implantación del ERP.
• Definición del modelo de negocio (o modelado organizacional)
• Definición del modelo de gestión (o modelo de operación).
• Evaluación de potencial interoperatividad del ERP con sistemas complementarios.
• Definición de una estrategia de implantación.
• Estimar y realizar las adecuaciones a la plataforma tecnológica que soporta los sistemas.
• Análisis del cambio en los procesos organizacionales.
• Controles de calidad.
• Preparación del personal operativo y de administración de sistemas.
• Diseño e implantación de procesos de mantenimiento de sistemas y soporte.
• Auditoría del entorno técnico, de desarrollo y operativo.

Las compañías e instituciones, de todo tipo, frecuentemente, buscan la ayuda de un proveedor o vendedor de ERP o de consultoras tecnológicas para realizar la implementación de los sistemas ERP. Esta consultoría se ubica en dos niveles, la consultoría de negocios (u organizacional) y la consultoría técnica. La primera estudia los procesos estratégicos, sustantivos y de apoyo actuales de la organización y valora su correspondencia con los procesos del sistema ERP. La consultoría técnica muchas veces implica programación para la implantación o la incorporación de nuevas funcionalidades.

Luego, personalizar un ERP puede resultar muy costoso y complicado, porque algunos sistemas contienen funcionalidades que no están diseñados para su personalización. Así, muchos negocios implementan sistemas ERP que siguen las mejores prácticas y estándares de la industria. Sin embargo, no contratar a una empresa integradora podría conducir entonces al error de favorecer per se una implantación de bajo coste. Resulta común que algunos paquetes básicos ERP resulten muy genéricos en sus reportes e informes; la personalización o adaptación de dichos elementos, de ser viable, suele afectar los tiempos y exigencias de cada implementación.

Las empresas integradoras de sistemas ERP acompañan a su organización cliente en la visualización de todos los aspectos requeridos por sus procesos, esto incluye hardware, software y todo el recorrido de la dimensión de gestión que implica la adopción del sistema ERP.